История начинается с того, что раненый Нэйтан «Нэйт» Дрейк (Нолан Норт) очнувшись обнаруживает, что он находится в поезде, свисающим со скалы. Позже выясняется, что его бывший друг Гарри Флинн (Стив Валентайн) и давняя подруга Хлоя Фрейзер (Клаудия Блэк) предложили ему работу — украсть монгольскую масляную лампу из музея Стамбула. Нэйт соглашается, когда узнаёт, что лампа может привести к сокровищам затонувшего флота Марко Поло. Гарри и Нэйт крадут лампу, которая содержит карту, показывающую, что затонувший флот перевозил камень Чинтамани из мистического города Шамбала до того, как он был выброшен цунами на берег. Взяв карту, Флинн обманывает Дрейка, которого арестовывает подоспевшая полиция и сажает в тюрьму на три месяца. Хлоя, ничего не подозревавшая о предательстве Флинна, просит помощи у Виктора «Салли» Салливана (Ричард МакГонагл) освободить Нэйта.
Нэйт и Салли следуют за Флинном и его боссом Зораном Лазаревичем (Грэхэм МакТавиш), сербским преступником, о котором ходят слухи, что он погиб на Борнео. С помощью Хлои, которая работает «кротом» в лагере Лазаревича, они узнают, что на затонувшем флоте никогда не было камня Чинтамани. Они обнаруживают гробницу, в которой находятся тела пассажиров, а также находят тибетский кинжал Пхурбу и письмо, в котором Поло говорит, что следующий ключ находится в храме в Катманду, Непал. Вскоре Флинн со своими людьми появляются в гробнице и забирают письмо, а Нэйт и Салли сбегают, спрыгнув со скалы в реку.
Хлоя и Нэйтан отправляются в Непал и обнаруживают, что армия Лазаревича разрушает город, пытаясь найти нужный храм. Предполагая что храм, который они ищут, украшает символ Пхурбу, они обследуют местность с крыши местной гостиницы и находят его.
По пути в храм Нэйт и Хлоя сталкиваются с Еленой Фишер (Эмили Роуз) и её оператором Джеффом (Грегори Майр), которые выслеживали Лазаревича, чтобы доказать, что он всё ещё жив. Вчетвером они добираются до храма и узнают, что камень и Шамбала находятся в Гималаях. Собравшись уходить, они попадают в засаду, где Джеффа ранит один из солдат Лазаревича. Несмотря на заявления Хлои оставить Джеффа, группа несёт его, пока их не ловят Лазаревич и его люди. Хлоя наводит пистолет на Нэйта, чтобы сохранить своё прикрытие, а Лазаревич убивает Джеффа. Хлоя и Лазаревич садятся на поезд и уезжают. Нэйт и Елена догоняют поезд Лазаревича на украденном джипе. Нэйт запрыгивает на поезд и находит Хлою, но та отказывается уходить с ним, из-за того, что он взял Елену и Джеффа с собой. В это время появляется Флинн и стреляет Нэйтану в живот. Нэйту ничего не остаётся кроме как выстрелить в газовые балоны. Взрыв уничтожает людей Флинна, и половина поезда, вместе с Дрейком, падает с высокой скалы.
Действие игры возвращается к тому месту, где игра началась. Нэйт выбирается из поезда и идёт через снежную бурю. Он успевает найти Пхурбу перед тем как падает без сознания. Он просыпается в тибетской деревне, где он встречает Елену. Она представляет ему немца по имени Карл Шефер (Рене Обержонуа). Шефер говорит Нэйту, что Пхурбу является ключом к поиску Шамбалы, но Нэйт говорит ему, что его это больше не интересует. Чтобы убедить его в обратном, Шефер посылает Нэйтана и главу деревни Тэнзина (Робин Аткинс Даунс), чтобы найти останки людей из его экспедиции, искавшей Шамбалу 70 лет назад. Пробравшись через несколько пещер древнего храма, заполненных странными существами, Нэйт и Тэнзин обнаружили, что люди Шефера были членами СС экспедиции Аненербе, и что Шефер убил их, чтобы защитить мир от силы камня. Возвратившись в деревню, они обнаруживают людей Лазаревича, которые напали на деревню. Защитив деревню, Нэйт с Еленой узнают, что Шефер похищен вместе с кинжалом. Они отслеживают конвой Лазаревича, направляющийся к заброшенному монастырю. Вместе они находят смертельно раненого Шефера, который говорит Нэйту, что он должен уничтожить камень. Затем Шефер умирает от полученных ран.
Нэйт находит Хлою, и она отдаёт ему Пхурбу после того как он обещает убить Лазаревича. Нэйт и Елена используют Пхурбу, чтобы открыть секретный проход в Шамбалу под монастырём, но в это время появляется Лазаревич. Он приказывает Нэйту открыть ворота. Когда ворота открываются, на них нападают монстры из ледяных пещер, но Лазаревичу удаётся убить их. Выясняется, что эти монстры на самом деле люди, охраняющие Шамбалу; они получают силу от камня Чинтамани и одеваются как монстры, чтобы отпугнуть любого, кто вторгнется в их город. Лазаревич собирается убить Нэйта и Елену, но в это время появляется новая волна монстров, и им вместе с Хлоей удаётся сбежать.
Забравшись на вершину центрального храма, Нэйт обнаруживает, что камень Чинтамани на самом деле гигантский янтарь из окаменевшей синей смолы, вросший в гигантское Дерево Жизни. Настоящей ценностью Шамбалы является синий сок дерева, который при попадании в организм делает выпившего его практически непобедимым. Когда они собираются идти за Лазаревичем, появляется раненый Флинн, который взрывает гранату, убив себя и серьёзно ранив Елену. Нэйт оставляет Елену с Хлоей и отправляется остановить Лазаревича. Дрейк прибывает в то время, когда Лазаревич выпивает сок дерева, который делает его почти неуязвимым и исцеляет все его раны и шрамы. Взрывая детонирующие наросты смолы на деревьях, Нэйту удаётся нанести повреждения Лазаревичу, и он оставляет его на растерзание стражам. Нэйт возвращается к Елене и Хлое, и они вместе бегут из разрушающегося города.
Вернувшись в деревню, Хлоя спрашивает Нэйта, любит ли он Елену, и он не отрицает этого. Хлоя уходит, а в это время Салли ведёт Елену к нему. Салли бежит за Хлоей, а Нэйт и Елена целуются, и после идут к краю скалы смотреть на заходящее за горы солнце.
Я очень люблю эту игру. Невероятная графика, интересный сюжет и красивый мир просто тянут проходить эту игру снова и снова!